會計軟件種類繁多，使用模式亦各有不同。縱使是相同品牌的軟件，亦有桌面版和雲端版之分，那麼對於不同使用模式的會計軟件，用家應如何選擇？有什麼要特別留意？應如何分析比較才不會做錯決定，買錯軟件？
作為用家，對軟件的要求不外乎以下幾點：
- 資料數據的安全性及保密度。桌面版會計軟件安裝如自己電腦，資料數據可隨時備份，而雲端版軟件資料庫並非儲存於公司或個人電腦內，且不可進行備份，涉及第三方進行資料管理狀態，不能做到100%資料安全保密。
- 性價比。桌面版會計軟件大多數都可無限建立公司賬套，無須花費額外成本，只需一次性付款買斷版權。相對雲端版需按月/按年付費及按公司開賬數量逐間計算費用更划算，性價比更高。
- 支援是否充足。大部分桌面版會計軟件（如：Sage 50 Peachtree、Sage 300（ACCPAC）、QuickBooks）都擁有二三十年的歷史背景。經過多年的使用及測試，已修補及完善會計軟件可能出現的漏洞，其操作及安裝狀態相對更穩定。雲端版軟件不同品牌，推出市場的年份不同。有一些品牌是新型的雲端產品，開發時間較短暫，穩定及數據準確性仍有待觀察。對一些不知名的品牌或聞所未聞的品牌更加要謹慎了解。
- 使用模式便利。雲端版軟件可讓多用戶於不同地域且不限設備隨時登入系統進行工作。而使用桌面版軟件的用戶，需要於指定已安裝軟件的電腦方可展開工作。如多用戶於不同地方需同時登入同一公司賬套，則需要配合特定網絡設定（如：VPN）方可。